Geboren in einer großbürgerlichen Familie in Lissabon. Schon früh fing er an zu schreiben und wollte Schriftsteller werden. Seinen Wunsch, Literaturwissenschaft zu studieren, ignorierte sein Vater, indem er ihn gegen seinen Willen für ein Medizinstudium immatrikulierte.
Im August 1969 heiratete er. Als er seine Frau Maria José kennenlernte, war sie 17 Jahre alt und in der politischen Opposition gegen die Diktatur aktiv. Er selbst war unpolitisch. Im Januar 1970 wurde er zum Militärdienst nach Angola einberufen.
Während des portugiesischen Kolonialkrieges (1961-1974) war er 27 Monate lang dort Militärarzt. Nach seiner Rückkehr aus dem Krieg arbeitete er als Psychiater in einer psychiatrischen Klinik, in der gleichen Klinik, in der auch sein Vater früher Chefarzt gewesen war.
1973 kehrte er aus Afrika zurück, 1976 trennte er sich von seiner Frau. Er verließ sie, obwohl er sie liebte. Sie war und ist "die Frau, für die ich die einzige, wahre Leidenschaft empfunden habe", so Lobo Antunes in einem Gespräch mit María Luisa Blanco.
Nachdem sie an Nierenkrebs erkrankt war und die Ärzte ihr noch drei Monate zu leben gaben, kehrte er zu ihr in ihre ehemals gemeinsame Wohnung zurück. Er blieb bei ihr während der letzten vier Monate ihres Lebens. Es sei die glücklichste Zeit ihrer Beziehung gewesen, sagte er später.
Heute lebt er in dieser Wohnung, sehr asketisch, er schreibt jeden Tag mehr als 12 Stunden. Als Psychiater arbeitet er nicht mehr, aber morgens geht er noch in die psychiatrische Klink, um in seinem ehemaligen Sprechstundenzimmer zu schreiben. Nach dem Essen in der Kantine geht er wieder nach Hause, um dort weiterzuarbeiten.
Werke (in deutscher Übersetzung):
1979: Elefantengedächtnis (2004) •
1979: Der Judaskuss (1987) •
1981: Die Vögel kommen zurück (1989) •
1983: Einblick in die Hölle (2003) •
1983: Fado Alexandrino (2002) •
1985: Reigen der Verdammten (1991) •
1988: Die Rückkehr der Karavellen (2000) •
1990: Die Leidenschaften der Seele (1994) •
1992: Die natürliche Ordnung der Dinge (1996) •
1994: Der Tod des Carlos Gardel (2000)
1996: Das Handbuch der Inquisitoren (1997) •
1997: Portugals strahlende Größe (1998) •
1998: Buch der Chroniken (2006) •
1999: Anweisungen an die Krokodile (1999) •
2000: Geh nicht so schnell in diese dunkle Nacht (2001) •
2001: Was werd ich tun, wenn alles brennt? (2003) •
2002: Zweites Buch der Chroniken (2007)
2003: Guten Abend ihr Dinge hier unten (2005) •
2004: Einen Stein werd ich lieben (2006) •
2005: Leben, auf Papier beschrieben. Briefe aus dem Krieg (2007)
2006: Gestern in Babylon hab ich dich nicht gesehen (2008)
2006: Drittes Buch der Chroniken (2010)
2007: Mein Name ist Legion (2010)
2008: Der Archipel der Schlaflosigkeit (2012)
2009: Welche Pferde sind das, die da werfen ihren Schatten aufs Meer? (2013)
2010: An den Flüssen, die strömen (2010) •
2011: Kommission der Tränen (2014)
2012: Mitternacht zu sein ist nicht jedem gegeben (2015)
2014: Ich gehe wie ein Haus in Flammen (2017)
2015: Vom Wesen der Götter (2018)
